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历史上捕捉猎杀过度，野生数量极少，野生梅花鹿在中国已是高度濒危动物，总数量不到1000只。华北亚种和山西亚种已经灭绝，华南亚种在安徽、浙江与江西的边界有大约400[4] 只，在广西有不到100只。四川亚种在四川北部和甘肃南部有大约500只。东北亚种可能已灭绝。台湾亚种原本已经灭绝，不过后来将驯养的种群野化并释放，现有大约200只。
梅花鹿在韩国和越南已经灭绝，朝鲜有可能已灭绝。俄罗斯东部有9000只左右，而日本则有30万只左右。日本梅花鹿曾经濒临灭绝，不过在良好的保护以及日本狼的灭绝导致了种群的恢复。现在由于没有天敌控制，梅花鹿数量过多而造成森林与农田的破坏。