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1.小肠球虫的感染
小肠球虫的感染是本病的首要原因之一。小肠球虫首要寄生于肠粘膜上皮细胞中，当其很多成长繁衍时，必定导致肠粘膜增厚，水肿，严峻掉落及出血等病变，
则简直使饲料不能被彻底消化吸收，一同对水分的吸收也显着削减，虽然鸡很多饮水，也会引起脱水现象，所以发病鸡群所排的粪便就很淡薄且不成形，内含有没有被消化的饲料。
2、细菌感染
细菌能引起肠炎，也是肉鸡肠毒综合症的病因之一：如沙门氏菌、产气夹膜梭菌等，经过影响损坏肠道黏膜，一同引起炎症使肠蠕动速度加速，消化液排泄过多，
饲料经过消化道的时刻缩短，导致消化不良。
3、病毒感染
病毒也是引起肠毒综合症的诱因之一；如呼肠弧病毒引起肠炎，危害肠道的吸收功用。
4、肠道内的酸碱平衡失调
因为时节、饲料、病原微生物等原因引起肠道菌群失调，发作很多乳酸，使肠道内PH值严峻降低，肠道内环境发作改动，有益菌削减有害菌很多繁衍，
又因为此时肠道处于厌氧环境，魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会很多繁衍，有害菌与球虫彼此和谐而加强了致病性。这样就会构成有益菌削减，而有害菌很多成长繁衍，
特别是大肠杆菌、沙门氏菌能加剧致病性。菌群所排泄的毒素增多，影响肠道粘膜使肠蠕动加速，消化液排出增多，
饲料经过肠道的时刻缩短，消化不良，未消化的饲料随同掉落的粘膜一同排出体外，构成特征性的西红柿样或鱼肠样粪便。
5、电解质很多丢失
因为球虫和有害菌很多成长繁衍导致消化不良和肠道吸收妨碍，使电解质吸收削减，一同，因为很多的肠粘膜细胞敏捷决裂崩解，使电解质很多丢失，呈现生理生化妨碍，
特别是钾离子的很多丢失，会导致心脏的振奋性过度增强，这也是肉鸡猝死症显着增多的首要原因之一。
6、自体中毒
在发病的过程中，很多的肠道上皮细胞决裂，在细菌的效果下，发作糜烂分化，以及掉落的肠粘膜、逝世的虫体等在体内发酵分化发作很多有毒物质，
一同，肠道内反常菌群排泄的毒素均会被机体吸收后发作自体中毒，呈现振奋不安、尖叫、瘫痪而衰竭逝世等症状。
7、饲料要素
饲猜中很多的能量、蛋白质和部分维生素能促进细菌与球虫的很多繁衍，加剧症状。所以养分越丰厚，发病率就越高，症状就越严峻。而饲喂质量较低的饲料相对发病较低。
别的霉变饲料也能加剧病。
8、药物中毒
长时刻用药，使药物对肠道粘膜构成损伤，引发肠炎。