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研发费用不仅影响到企业的财务数据，更可以从研发费的考核中看到企业的真实的研发能力，下面主要从以下几个方面讲解研发费用的核算。
1、研发人员的统计
1.1、统计的难点
研发人员，是指从事研究开发项目的专业人员。主要包括研究人员、技术人员和辅助人员。
对人员人工的审核，关键是对研发人员的范围认定和费用金额的归集。如果参与研究开发的人员不是专职从事研究开发项目或同时参与多个研究开发项目，其薪酬如何分摊入研究开发项目、如何在不同研究开发项目间分摊就成为审核的重点和难点。主要表现在一下几方面：
①部分申报企业特别是中小型企业的管理层，在对整个企业的生产、经营进行管理的同时，往往也参与研究开发工作，如何将其薪酬计入研究开发活动没有明确规定。
②有些研究开发项目的研究开发活动涉及多个部门，甚至多个企业，在这种情况下人员人工的归集和分配也比较困难。
③有不少申报企业为了达到增加研究开发费用总额的目的，将研究开发项目立项书中未列示的管理人员（包括业主）、生产人员的薪酬计入研究开发人员人工。
1.2、应对措施
1）重点检查应付工资、管理费用明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、教育背景（必要时通过检查学历证明，以确定研发人员是否具备相关专业背景）、工作经验和参加社会保险等资料，结合研究开发部门人员名单，确定研发人员的工资费用是否真实，计算是否准确。
2）对受雇的研发人员，需取得累计实际工作时间在183天以上的证据。
3）对企业存在多个研究开发项目的，按实际参与的项目进行归集。若研发人员同时参与两个或两个以上项目，应按统计的工作量进行分摊。如申报企业因不能准确地对工作量进行统计而常采用其他方法进行分摊，应检查其分摊的合理性。
2、研发费用直接投入核算
2.1、核算难点
《工作指引》中较明确规定了直接投入的开支范围，但企业实际发生的研发费中的材料费品种繁多，部分领料单上亦未写明具体用于什么研究开发项目，直接投入的认定和分配缺乏可靠的依据。
此外，很多申报企业特别是中小型企业以前年度并没有独立设置研发费用科目，发生的研发费分别记载于不同的会计科目，如实验车间成本、管理费用、其他业务支出、在建工程、专项应付款等，而不同会计科目之间又不存在对申报明细表而言的勾稽关系。因此，申报企业将非研发材料成本计入研发直接投入中的人为操作空间很大。
2.2、应对措施
1）对于日常生产领用材料和研究开发领用材料的区分，除通过重点检查管理费用、原材料明细账、原材料购入、发出、结存明细表、相关费用分配表等外，审计人员还可以考虑进行如下分析判断：
①总量领用的合理性判断；
②研究开发材料领用的月均波动情况是否合理；
③领用材料与研究开发项目的相关性判断，必要时可以考虑利用外部专家工作。如，聘请行业专家，对研究开发项目有关直接投入的品种、数量、质量等因素的合理性、相关性进行评价；
④重点对研究开发材料所形成的实物成果进行盘点及残次品的销售进行综合判断。如，电缆生产企业研究开发项目领用的铜等重要材料，在考虑残次品销售的前提下，需要对期末实物库存的合理性进行判断。
2）对于直接购入的能源、材料等，需要通过检查购入发票、运输单据、入库单、领料单等确认其真实性，并聘请相关行业专家，确定购入的能源、材料等与研究开发项目的相关性。
3）对动力费用、共同使用的模具、样品、样机及一般测试手段购置费等，可以采用工作量等合理的方法，分摊计入各研究开发项目成本。